法務省の申請用総合ソフト（登記ねっとからダウンロード出来るもの）で、「登記されていないことの証明書」を取得しようとしたところ、申請書を作成後の「署名付与（電子署名の付与）」で「ICカードリーダの初期化に失敗しました。ICカードがICカードリーダに差し込まれているか確認してください。」とのエラーが。1時間以上かけて、なんとか署名に成功し、送信できましたが、いつか同じエラーにまた引っかかる気がするので、覚書しておきます。
※申請用総合ソフトと公的認証サービスの基本的な設定は省いています

ICカードリーダー側の準備

• 使うカードはマイナンバーカード
• カードリーダーのドライバをインストールしておく（私のカードリーダはNTTCOMのSRC3310、古いですが動作はします）
• ランプなど、PCに接続して動作確認をしておく

JPKI利用者クライアントソフトのインストール

Macには、確定申告用に入れていたのですが、Winは入れてなかった！
https://www.jpki.go.jp/download/

申請用総合ソフト側の設定

1. 申請用総合ソフトを起動し，「処理状況表示」画面を表示、「ツール」メニューの「オプション」をクリックし、「IC カード切替」のタブを選択します。

2. 「登録」ボタンをクリックします。「IC カードライブラリの登録確認」画面が表示されるので，「OK」ボタンをクリックします。「IC カードライブラリの登録完了」画面が表示されたら「OK」ボタンをクリックします。
3. 「オプション」画面に戻ります。「使用する IC カードライブラリ」欄から，「公的個人認証サービス(個人番号カード)」を選択し，「適用」ボタンをクリックします。

4. 「設定」ボタンをクリックし，「処理状況表示」画面に戻ります。
5. 目的の申請書の「署名付与」をクリックします。
6. 「ICカードで署名」を選びます。
7. 「ICカード差し込み確認」ダイアログが出ます。ここでICカードをカードリーダーに差し込みます。
8. 「アクセスパスワード」を求められます。マイナンバーのパスワードは色々あって面倒ですが、「署名用パスワード」のことです。
9. エラーが出ずに署名できればOK

実際には、上記手順でも「ICカードリーダの初期化に失敗しました。」と言われ、5回ほどで成功しました。

オンライン申請については、どのシステムもいまひとつ使い勝手が良くない。エラーになってもいいのですが、その際自己解決するのがすごく難しいので、いまひとつ浸透しない理由だよなー。電話で確認するとなると職員の手を煩わせるわけで（しかもかなりの確率で解決せん！）、何の為のオンラインなんだか・・