自作のWordpressテーマで、Polylangの言語別メニュー設定が効かなかったので、調べてみました。
テーマのための関数（functions.php）でregister_nav_menus内で以下の設定が必要だそうです。
add_theme_support( ‘menus’ );
register_nav_menus ( array ( ‘primary’ => __( ‘Navigation Menu’, ‘sakusaterakoya’ ) ));
上記のような記載で、メニューの位置の設定が可能になります。