マルチサイト化すると、下層の投稿に勝手に /blog がくっついて邪魔です。
これを消す方法です。
（1）親サイトのパーマリンク設定を一旦デフォルトに変更する
親サイトのダッシュボード「設定」→「パーマリンク設定」
一番上の「基本」にチェックを入れて「変更を保存」
（2）親サイトのパーマリンクを変更
「サイトネットワーク管理」→「サイト」
親サイトを選択して、「設定」タブをクリック
「Permalink Structure」の欄が空になっていると思います。
ここに希望するカスタム構造のパーマリンクを記述します。
（例：「/%category%/%post_id%.html」など）
「変更を保存」をクリックします。
上記作業だけで、OKです。
（親サイトの設定などは触らなくて良いです）